ฝ่ายตรวจสอบภายใน ขึ้นตรงต่อคณะกรรมการตรวจสอบและคณะกรรมการสถาบันฯ มีหน้าที่และความรับผิดชอบในการกำหนดเป้าหมาย ทิศทาง ภารกิจงานตรวจสอบภายใน เพื่อสนับสนุนการบริหารงานและการดำเนินงานด้านต่าง ๆ ของสถาบันฯ ให้สอดคล้องกับนโยบายของสถาบันฯ คณะกรรมการสถาบันฯ และคณะกรรมการตรวจสอบ หรือคณะกรรมการอื่นใดที่ปฏิบัติงานในลักษณะเดียวกัน รวมถึงดำเนินงานด้านการตรวจสอบภายในตามระเบียบที่คณะกรรมการสถาบันฯ กำหนด

ฝ่ายบริหารกลาง มีหน้าที่และความรับผิดชอบด้านการอำนวยการปฏิบัติงานของผู้อำนวยการ รองผู้อำนวยการ และผู้ช่วยผู้อำนวยการ การบริหารคุณภาพโดยรวม การส่งเสริมการกำกับดูแลองค์กรที่ดี การประเมินคุณธรรมและความโปร่งใสในการดำเนินงานของหน่วยงานภาครัฐ การประชาสัมพันธ์และสื่อสารองค์กร งานด้านกฎหมาย การอำนวยการปฏิบัติงานและการจัดประชุมของคณะกรรมการนโยบายเทคโนโลยีป้องกันประเทศ และคณะกรรมการสถาบันฯ ตลอดจนปฏิบัติงานอื่น ๆ ตามที่ผู้บังคับบัญชามอบหมาย

กลุ่มกลยุทธ์ มีหน้าที่และความรับผิดชอบด้านกลยุทธ์และแผนงาน การพัฒนานโยบายและบริหารกลยุทธ์  การจัดทำรายงานผลการปฏิบัติงานประจำปี การงบประมาณ การติดตามประเมินผล การควบคุมภายใน การบริหารความเสี่ยง การวิเคราะห์ สังเคราะห์ และเป็นแหล่งข้อมูลด้านเทคโนโลยีป้องกันประเทศและอุตสาหกรรมป้องกันประเทศ การพัฒนากำลังคนและเผยแพร่องค์ความรู้ด้านเทคโนโลยีป้องกันประเทศและอุตสาหกรรมป้องกันประเทศ รวมทั้งการประสานความร่วมมือและสร้างความสัมพันธ์อันดีกับภาครัฐและภาคเอกชน การสร้างเครือข่ายความร่วมมือระหว่างประเทศ ตลอดจนปฏิบัติงานอื่น ๆ ตามที่ผู้บังคับบัญชามอบหมาย

กลุ่มกิจการอุตสาหกรรมความมั่นคง มีหน้าที่และความรับผิดชอบ ส่งเสริมสนับสนุนกิจการอุตสาหกรรมความมั่นคงของสถาบันฯ กระทรวงกลาโหม หน่วยงานอื่นของรัฐ และภาคเอกชน รวมถึงดำเนินงานเกี่ยวกับการประกอบกิจการและการพัฒนากิจการอุตสาหกรรมความมั่นคง การให้บริการศูนย์บริการครบวงจรอุตสาหกรรมความมั่นคง ตลอดจนปฏิบัติงานอื่น ๆ ตามที่ได้รับมอบหมายจากผู้บังคับบัญชา

กลุ่มวิจัย มีหน้าที่และความรับผิดชอบ ด้านการศึกษา ค้นคว้า วิจัยและพัฒนา การสร้างต้นแบบยุทโธปกรณ์ พัฒนาความรู้ทางวิชาการและประสิทธิภาพการวิจัยและพัฒนา กำกับดูแลงาน ด้านวิศวกรรมระบบ การบริหารโครงการ ติดตาม และรายงานผลการดำเนินงานโครงการวิจัยและพัฒนา ส่งเสริมสนับสนุนการจัดทำบทความหรือรายงานทางวิชาการเพื่อตีพิมพ์ในเอกสารหรือวารสารทางวิชาการ รวมทั้งงานสนับสนุนการวิจัยและพัฒนาในการสร้างต้นแบบยุทโธปกรณ์ การสนับสนุนและการส่งกำลังบำรุงภายในโรงปฏิบัติการวิจัยและพัฒนา ตลอดจนปฏิบัติงานอื่น ๆ ตามที่ได้รับมอบหมายจากผู้บังคับบัญชา

กลุ่มสนับสนุน มีหน้าที่และความรับผิดชอบ ด้านทรัพยากรบุคคล การพัฒนาและให้บริการเทคโนโลยีสารสนเทศภายในองค์กร การสนับสนุนองค์กร การส่งกำลังบำรุง และงานอื่น ๆ ที่ไม่อยู่ในหน้าที่และความรับผิดชอบของกลุ่ม ศูนย์ หรือฝ่ายอื่น ตลอดจนปฏิบัติงานอื่น ๆ ตามที่ได้รับมอบหมายจากผู้บังคับบัญชา

ศูนย์ฝึกอบรมระบบอากาศยานไร้คนขับ มีหน้าที่และความรับผิดชอบ ฝึกอบรมและให้บริการระบบอากาศยานไร้คนขับ การผลิตและพัฒนาบุคลากรด้านอากาศยานไร้คนขับให้มีมาตรฐานสากล รวมทั้งการให้บริการทางวิชาการและเทคโนโลยีด้านอากาศยานไร้คนขับ ตลอดจนปฏิบัติงานอื่น ๆ ตามที่ได้รับมอบหมายจากผู้บังคับบัญชา

ศูนย์ทดสอบมาตรฐานอุตสาหกรรมความมั่นคง มีหน้าที่และความรับผิดชอบ จัดทำแผนงาน ดำเนินการพัฒนาระบบทดสอบและให้บริการทดสอบ การตรวจ ตัดสิน ให้การรับรองผลการตรวจและการทดสอบของผลิตภัณฑ์ในอุตสาหกรรมความมั่นคงและอุตสาหกรรมที่เกี่ยวข้องแก่หน่วยงานภายในและภายนอกตามที่ได้รับการร้องขอ การดำเนินการด้านระบบควบคุมคุณภาพ ความปลอดภัยทางวิศวกรรม รวมถึงรวบรวมและจัดทำมาตรฐานด้านยุทโธปกรณ์เพื่อการรับรองผลิตภัณฑ์ของสถาบันฯ ระบบการสอบเทียบเครื่องมือวัด ให้สอดคล้องตามมาตรฐาน มอก. เลขที่ 17020 (ISO/IEC17020) และเลขที่ 17025 (ISO/IEC17025) พัฒนาและเสริมสร้างบุคลากรด้านงานทดสอบ ตรวจสอบและตัดสินผล รวมถึงการให้ความรู้แก่บุคลากรทั้งภายในและภายนอกสถาบันฯ ตลอดจนปฏิบัติงานอื่น ๆ ตามที่ได้รับมอบหมายจากผู้บังคับบัญชา